W 2015 roku na wniosek Parafii Mariackiej w Krakowie Archidiecezjalna Komisja Muzyki Kościelnej dokonała oceny stanu instrumentarium bazyliki Mariackiej. Potwierdzono zgłaszane od kilku lat przez naszych organistów oraz innych muzyków opinie o złym stanie i jakości mariackich organów głównych, dlatego podjęto decyzję o ogłoszeniu konkursu na renowację instrumentu głównego i średniego. Założeniem Parafii, Archidiecezjalnej Komisji Muzyki Kościelnej oraz archidiecezjalnego konserwatora zabytków było stworzenie wizytówki w zakresie kultury muzycznej miasta.
Archidiecezjalna Komisja Muzyki Kościelnej wskazała ofertę firmy Hammer jako najbardziej twórczą propozycję remontu i przebudowy istniejących organów. Po kilku miesiącach prac projektowych wypracowano optymalny projekt. Okazało się jednak, że efekt prac byłby niewspółmierny z poniesionymi kosztami, dlatego też rozpisano nowy konkurs na budowę instrumentu głównego, zachowując jednak jego zabytkowe elementy. Zaproszono kilka renomowanych firm europejskich: z Austrii Rieger, z Holandii van den Heuvel, z Niemiec Eule, Mühleisen oraz Hammer, ze Szwajcarii Kuhn oraz Metzler. Chęć podjęcia się tego projektu w zaproponowanym terminie wyraziło cztery firmy, które przedstawiły swoje projekty. Oferty te poddano gruntownej analizie. Dokonano również oglądu najnowszych instrumentów w kilku krajach Europy wybudowanych przez firmy uczestniczące w konkursie, takich, które zbliżone są do projektu w bazylice Mariackiej. Oględzin dokonywała komisja w składzie: prof. dr hab. Wiesław Delimat, dr hab. Witold Zaleski, dr Krzysztof Michałek. Ostatecznie najwyższe uznanie zyskała austriacka firma Rieger Orgelbau z siedzibą w Schwarzach.
Nie bez znaczenia jest fakt, że Rieger to obecnie jedna z najlepszych na świecie firm budujących organy. W swoim dorobku posiada instrumenty m.in. w wielu katedrach na całym świecie, a także salach koncertowych, jak choćby Filharmonia Wiedeńska czy Paryska. Współfundatorem nowego instrumentu oraz całego projektu rewitalizacji przestrzeni muzycznej w kościele jest krakowska firma informatyczna Comarch SA. Prace nad projektem przebiegały pod nadzorem Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków w Krakowie, oraz przy opiniowaniu Wojewódzkiej Rady Ochrony Zabytków.
15 grudnia 2018 roku zostały poświęcone przez arcybiskupa metropolitę krakowskiego Marka Jędraszewskiego i oddane do użytku 14-głosowe organy w prezbiterium. W wyniku obecnej restauracji powstałe w 1912 roku organy średnie autorstwa Kazimierza Żebrowskiego odzyskały pierwotny blask i szlachetne brzmienie. Prowadzą nas teraz do modlitw swoją doskonałą, aksamitną melodią, o czym można przekonać się codziennie podczas liturgii w bazylice. Trzeba pamiętać również, że w nawie południowej kościoła Mariackiego istnieje dobrze zachowany trzeci instrument bazylikowy 8‑głosowy pozytyw Falla (z końca XIX wieku). To on towarzyszy celebracjom przy cudownym Krzyżu.
Poświęcenie organów głównych nastąpiło 14 maja 2022 roku.
DZIĘKUJEMY NASZYM OFIARODAWCOM ZA WSPARCIE OKAZANE PRZY DUŻYCH PROJEKTACH PROWADZONYCH PRZEZ PARAFIĘ MARIACKĄ ORAZ PODCZAS PANDEMII!
Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Małopolski Urząd Wojewódzki, Pan Prezydent Miasta Krakowa prof. Jacek Majchrowski, Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa, Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego;
Akon Sp. z o. o., Blue Media Spółka Akcyjna, Budrem Kraków, Centrum Sztuki Ludowej IMAGO, Chór Filharmonii Oslo, Comarch S.A., Ekotrade Sp. z o. o., Firma Handlowa ENERGO-TUR Sp. z o. o., Fundacja Familijna Rodziny Wentzlów, Fundacja Incanto, Fundacja Rodziny Engelów, Fundacja Rodziny Filipiaków, Fundacja Tauron, Krakowska Kongregacja Kupiecka, Krakowskie Przedsiębiorstwo Wytwórczo-Usługowe ARTIM, Rzemieślnicze Towarzystwo Śpiewackie „Hasło”;
oraz liczne fundacje prywatne
