Ołtarz Krzyża Świętego
Barokowy ołtarz Krzyża Świętego powstał w 1735 roku. Zbudowany jest z czarnego marmuru inkrustowanego marmurem różowym. Mieści się w nim arcydzieło rzeźby gotyckiej – pochodzący z końca XV w. kamienny krucyfiks dłuta Wita Stwosza. Uderzający realizm przedstawienia ciała cierpiącego Chrystusa potęguje emocjonalną i duchową wymowę męki Pańskiej. Tło krzyża stanowi srebrna blacha z widokiem Jerozolimy, wykonana w XVIII w. przez Józefa Ceyplera.
Kaplica Nawrócenia św. Pawła
Kaplica mieści się na drugiej kondygnacji południowej wieży kościoła. Została ufundowana przez rajcę krakowskiego Pawła Kauffmanna w 1522 r. Ołtarz zdobiły obrazy pędzla Michaela Lancza z Kitzingen: Nawrócenie św. Pawła w centrum, Złożenie Chrystusa do grobu w predelli oraz Chrystus królujący wśród aniołów w zwieńczeniu. Oryginały niestety przepadły po zrabowaniu ich przez hitlerowców.
Kaplica św. Antoniego
W kaplicy św. Antoniego, zwanej także kaplicą Złoczyńców, spędzali noc przestępcy skazani na śmierć, których rankiem wyprowadzano w asyście duchownych na miejsce kaźni. Barokowy ołtarz kaplicy pochodzi z XVII w.
Kaplica Loretańska
Kaplica ufundowana została w 1597 roku przez ks. Pawła z Zatora. Powstała przez wydzielenie zachodniej części nawy północnej renesansową kratą, na której ok. 1640 roku ustawiono złocone figury aniołów. W późnobarokowym ołtarzu, zaprojektowanym najprawdopodobniej przez Franciszka Placidiego, umieszczony został najstarszy w bazylice Mariackiej wizerunek Matki Boskiej w typie tzw. Hodegetrii Krakowskiej z lat 50-tych XV w., srebrna sukienka została sprawiona w 1684 przez zakrystianina Adama Szymanowicza i rajcę krakowskiego Jana Gaudentego Zacherlę.
Kaplica św. Jana Chrzciciela (pierwotnie Ducha Świętego)
Kaplica wzniesiona została w 1446 roku. Od 1513 roku pozostawała pod opieką możnego rodu Bonerów. Z wyposażenia przetrwały wspaniałe brązowe płyty nagrobne Seweryna Bonera i jego żony Zofii z Bethmanów. Pierwotnie w kaplicy znajdował się malowany ołtarz projektu Hansa Suessa z Kulmbachu, jednego z najlepszych uczniów Albrechta Dürera. Ściany zdobi polichromia pędzla Józefa Mehoffera pochodząca z 1932 roku.
Kaplica św. Wawrzyńca
Kaplica ufundowana została przez rajcę krakowskiego, Marka Noldenfessera i wybudowana w latach 1423–41. Wyposażenie barokowe kaplicy pochodzi z XVIII w. Polichromię ścian wykonał Jan Bukowski.
Kaplica Przemienienia Pańskiego (pierwotnie Bożego Ciała)
Kaplica została ufundowana w 1439 roku przez mieszczanina Jerzego Szwarca. Barokowy ołtarz z 1747 roku przypisywany jest Franciszkowi Placidiemu. Scenograficzna aranżacja ołtarza imitująca górę Tabor, ujęta obeliskami i kolumnami z odwróconymi przyczółkami, stanowi integralną całość z obrazem ukazującym Przemienienie. Obraz powstał w warsztacie Szymona Czechowicza w Warszawie ok. 1773 roku. Polichromia na ścianach bocznych jest dziełem Jana Bukowskiego.
Kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej
Kaplica mieści się w przyziemiu wieży dzwonnej. W barokowym ołtarzu głównym znajduje się kopia obrazu jasnogórskiego. Według podania obraz miał zostać skopiowany z oryginału, gdy był przewożony przez Kraków w czasie potopu szwedzkiego. Przy ścianie kaplicy znajduje się późnorenesansowa brązowa płyta nagrobna Erazma Danigiela zmarłego w 1624 roku.
Kaplica św. Łazarza
Kaplica została ufundowana ok. 1435 roku przez Jadwigę z Kuńczów Sebastianową. Znajduje się w niej barokowy ołtarz z obrazem Wskrzeszenie Łazarza oraz krucyfiks z XVIII w. Okno zawiera witraż ze scenami z życia Chrystusa zaprojektowany przez Jana Januszewskiego w 1939 roku.
Kaplica św. Walentego
Kaplica św. Walentego, zwana także kaplicą Matki Boskiej Ostrobramskiej, została ufundowana w 1443 roku przez Jana Dolnicza. W późnobarokowym murowanym ołtarzu mieści się kopia obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej pędzla Rafała Hadziewicza z pierwszej połowy XIX w. XV-wieczne epitafium nagrobne Jana Sebenwirta to najstarsza z tego typu płyt znajdujących się w kościele Mariackim. Polichromia w kaplicy jest projektu Stanisława Wyspiańskiego.
Kaplica św. Jana Nepomucena
Kaplica została wzniesiona w 1435 roku przez Franciszka Wiechonia z Kleparza, z fundacji ks. Teodoryka Weinrycha. W podziemiach znajdują się groby donatorów kościoła, książąt oświęcimskich, raciborskich, zatorskich oraz Piastów śląskich. W kaplicy mieści się okazały klasycystyczny nagrobek Piotra Fryderyka ze Skrzynna Dunina i jego żony Zofii z Małachowskich. Polichromia ścian jest dziełem Jana Bukowskiego i Włodzimierza Tetmajera. W oknie znajduje się zaprojektowany przez Jana Januszewskiego witraż Opieka Matki Boskiej nad Krakowem, zwany także Dziękczynnym z powodu ocalenia miasta i kościoła przed zniszczeniem w czasach II wojny światowej.
Kaplica Michała Archanioła
Kaplica znajduje się ponad kruchtą północną, a ufundowana została w 1443 roku przez Jana Baomgarta. W kaplicy znajduje się barokowy ołtarz z wizerunkiem Matki Boskiej z Dzieciątkiem, oraz gotyckie stalle z późnorenesansowymi zapleckami.
Kaplica Aniołów Stróżów
Kaplica mieści się ponad kruchtą południową. Ufundowana została w 1435 roku przez Mikołaja Czirlę. W kaplicy znajduje się późnogotycki ołtarz datowany na początek XVI w. i barokowy obraz przedstawiający Anioła Stróża.
Wirtualny spacer po bazylice Mariackiej