Fasada bazyliki Mariackiej ujęta jest w dwie charakterystyczne wieże, które różnią się między sobą wysokością.
WIEŻA WYŻSZA, PÓŁNOCNA
Ma 82 m wysokości. Zwana jest Hejnalicą lub Strażnicą – Excubiarum. Zbudowana została na planie kwadratu, a na wysokości dziewiątej kondygnacji przechodzi w ośmiobok, przepruty ostrołukowymi wnękami, mieszczącymi dwie kondygnacje okien. Poszczególne kondygnacje wieży oddzielone są od siebie kamiennymi gzymsami. Niegdyś na wieży umieszczony był zegar z ruchomymi figurami.
Wieżę nakrywa gotycki hełm z 1478 r. – dzieło mistrza Macieja Heringka. Składa się z ośmiobocznej, zaostrzonej iglicy, otoczonej wieńcem ośmiu niższych wieżyczek. Z wieży, z wysokości 54 m grany jest co godzinę hejnał mariacki.
U podnóża wieży, od strony północnej, znajduje się prostokątna przybudówka, mieszcząca kamienne schody prowadzące do wnętrza wieży. Po lewej stronie od wejścia zwraca uwagę okazała odlana w brązie tablica przedstawiająca króla Jana III Sobieskiego. Została ona wykonana na podstawie projektu rzeźbiarza Piusa Welońskiego dla uczczenia 200 rocznicy odsieczy wiedeńskiej.
WIEŻA NIŻSZA, POŁUDNIOWA
Ma 69 metrów wysokości i pełni funkcję dzwonnicy. Podobnie jak wieża wyższa wzniesiona została na planie kwadratu i ma wyraźnie zaznaczony gzymsami i oknami podział kondygnacyjny. Na piętrze znajduje się renesansowa kaplica pw. Nawrócenia św. Pawła, do której można wejść przez balkon, dzieło włoskich mistrzów z warsztatu Bartłomieja Berecciego.
Wieżę nakrywa późnorenesansowy hełm wykonany w 1592 r., składający się z osadzonej na ośmiobocznym bębnie eliptycznej kopuły zwieńczonej ażurową latarnią. W narożnikach ustawione są cztery mniejsze kopułki na niskich, sześciobocznych podstawach.
TAJEMNICĘ RÓŻNEJ WYSOKOŚCI WIEŻ WYJAŚNIA LEGENDA
Według legendy do budowy wież kościoła Mariackiego zatrudniono dwóch braci, którzy cieszyli się wielkim uznaniem jako jedni z najlepszych budowniczych Krakowa. Starszemu bratu polecono wzniesienie wieży południowej, a młodszemu północnej.
Początkowo budowa przebiegała spokojnie, w podobnym tempie. Wkrótce jednak okazało się, że wieża południowa, nad którą pracował starszy brat, znacznie przewyższa północną. Trawiony nieposkromioną zazdrością młodszy brat zabił w ataku wściekłości starszego. Niedokończoną wieżę południową nakazał nakryć kopułą, a sam zgodnie z planem zakończył budowę swojej, teraz wyższej, wieży północnej. Wyrzuty sumienia nie dawały mu jednak żyć. W dniu uroczystego poświęcenia świątyni mariackiej stanął na samym szczycie swej wieży, trzymając w dłoni nóż, którym zamordował brata. Przyznał się publicznie do zabójstwa, po czym skoczył w dół. Do dziś w bramie Sukiennic na Rynku Głównym wisi nóż mordercy, który ma przypominać o tych tragicznych wydarzeniach.
Według innej wersji legendy po zabójstwie starszego brata budowa południowej wieży została zakończona przez nadprzyrodzone siły, a będący tego świadkiem młodszy brat ze strachu stracił równowagę, spadł z rusztowania i w ten sposób poniósł śmierć.
LEGENDA O HEJNALE
W średniowieczu hejnał odgrywany był z wyższej wieży, która pełniła funkcję strażnicy miejskiej. Był to sygnał do otwarcia lub zamknięcia bram miejskich Krakowa, a co ważniejsze, hejnał ostrzegał o pojawieniu się pożaru lub o nadejściu wroga.
Legenda wyjaśnia, skąd wzięła się tradycja odgrywania przerywanego hejnału. W XIII w., kiedy ziemie polskie padały ofiarą najazdów tatarskich, nad bezpieczeństwem mieszkańców Krakowa czuwał w dzień i w nocy strażnik w wieży mariackiej. Kiedy zauważył zbliżających się do miasta Tatarów, zaczął grać hejnał, by ostrzec nieświadomych niebezpieczeństwa krakowian. Gdy trąbił na alarm, jego gardło przeszyła strzała tatarska.
Dlatego też po dziś dzień hejnał urywa się w tym samym momencie, by uczcić pamięć dzielnego trębacza, dzięki któremu Kraków powstał do walki z najeźdźcą.
ZŁOTA KORONA NA HEJNALICY
Szczyt wieży wyższej zdobi królewska korona przynależna Maryi jako Królowej Polski.
Pierwszą koronę wykonano już w 1628 roku. Jej pojawienie się na wieży związane jest z objawieniami włoskiego jezuity ojca Giulio Mancinellego, w których Maryja poleca nazywać się Królową Polski.
Następną, zachowaną do dziś koronę wykonano w roku 1666, a więc w dziesiątą rocznicę lwowskich ślubów króla Jana Kazimierza i oficjalnego już ogłoszenia Maryi Patronką i Królową Polski.
Korona ma kształt rozszerzonego ku górze ośmioboku. Jest wykonana z miedzianej blachy i pokryta złotem. W 2023 roku dokonano jej konserwacji.