31 grudnia 2022 roku, w wieku 95 lat w Watykanie zmarł emerytowany papież Benedykt XVI. Kardynał Joseph Ratzinger trzykrotnie odwiedził bazylikę Mariacką.
Po raz pierwszy kard. Ratzinger gościł w kościele Mariackim 13 września 1980 roku, kiedy to wraz z polskimi i niemieckimi hierarchami odprawił mszę św. Wygłosił on wówczas kazanie „Wiara chrześcijańska a Europa”, podczas którego mówił: „W kulturze chrześcijańskiej obowiązuje pierwszeństwo wartości moralnych przed wartościami materialnymi. Dlatego chwała Boga jest w kulturze chrześcijańskiej wartością publiczną. Wielkie katedry i kościoły, jak tu w Krakowie katedra i kościół Mariacki i liczne inne, są wyrazem owego przekonania, że chwała Boga jest publicznym i wspólnym dobrem człowieka”.
Kolejny raz przyszły papież zwiedzał bazylikę w kwietniu 1999 r., oprowadzany przez ks. infułata Bronisława Fidelusa.
Ostatni pobyt Josepha Ratzingera w bazylice Mariackiej to 11 maja 2003 roku. Kardynał jako legat papieski przybył do Polski na 750. rocznicę kanonizacji św. Stanisława i w Krakowie wziął udział m.in. w tradycyjnej pielgrzymce z Wawelu na Skałkę.
Jak twierdzi ks. inf. Bronisław Fidelus wizyty kardynała Ratzingera w Krakowie były zawsze dużym wydarzeniem. „Wprawdzie po wyborze kard. Karola Wojtyły miasto odwiedzało wielu duchownych, wysoko postawionych kardynałów, ale wizyty kard. Josepha Ratzingera były wyjątkowe. Interesował się ołtarzem Wita Stwosza, podziwiał, patrzył na poszczególne sceny i słuchał co się do niego mówiło. Wywarł na nas — mu towarzyszących — wielkie wrażenie. Widać było głębię tego człowieka”.
Podczas swojej pielgrzymki do Polski, 27 maja 2006 roku papież Benedykt XVI odwiedził Kraków. Przejeżdżając obok otwartej bazyliki, na chwilę zatrzymano samochód, i jak wspomina ks. inf. Fidelus „papież wzrokiem sięgnął do środka i pobłogosławił”.