Kościoły rektoralne (rektorskie) prowadzą zwykłe działania duszpasterskie, ale administracyjnie podlegają parafii bazyliki Mariackiej.

Do para­fii mariac­kiej należą:

 — kościół św. Bar­ba­ry, Mały Rynek 8
 — kościół św. Woj­cie­cha, Rynek Głów­ny 2
 — kościół św. Mar­ka, ul. św. Mar­ka 10
 — kościół św. Toma­sza Apo­sto­ła (kościół Ducha­czek), ul. Szpi­tal­na 12
 — kościół św. Jana Chrzci­cie­la i św. Jana Ewan­ge­li­sty (kościół Pre­zen­tek), ul. św. Jana 7
 — Bazy­li­ka Trój­cy Świę­tej (kościół Domi­ni­ka­nów), ul. Sto­lar­ska 12
 — kościół Prze­mie­nie­nia Pań­skie­go (kościół OO. Pija­rów), ul. Pijar­ska 2
 — kościół św. Kazi­mie­rza (kościół OO. Refor­ma­tów), ul. Refor­mac­ka 4
 — kościół MB Śnież­nej (kościół SS. Domi­ni­ka­nek), ul. Miko­łaj­ska 21