Kościół Mariacki poniósł w czasie II wojny światowej poważne straty. Niektóre ze znajdujących się w nim dzieł sztuki po dziś dzień nie zostały odnalezione.
Dzieje wojenne ołtarza Wita Stwosza
Przeczuwając rychły wybuch wojny, podjęto działania mające ochronić najcenniejszy zabytek bazyliki Mariackiej. Pod koniec sierpnia 1939 roku zdemontowano ołtarz Wita Stwosza. Figury przewieziono do Sandomierza, a części ornamentalne ukryto w Krakowie. Hitlerowcy po intensywnym śledztwie znaleźli jednak dzieło i wywieźli je do Norymbergi. Po zakończeniu wojny ołtarz odzyskano i w 1946 roku przywieziono go z powrotem do Krakowa. Ołtarz został poddany konserwacji, a następnie wyeksponowany w salach zamku na Wawelu. Do kościoła Mariackiego powrócił dopiero w 1957 roku.
Honorowa odznaka Bene Merito dla Curtisa L. Dagley’a
27 października 2016 roku w Gloucester, w stanie Maryland, Pan Curtis Dagley — były konwojent ołtarza Wita Stwosza — został uhonorowany przez ministra spraw zagranicznych RP odznaką Bene Merito w uznaniu zasług przy restytucji ołtarza w 1946 roku. Archiprezbiter ks. dr Dariusz Raś skierował na ręce Pana Dagleya list gratulacyjny.
Skradzione dzieła sztuki
Ofiarą hitlerowskich grabieżców padły również obrazy Michaela Lancza z Kitzingen, Hansa Suessa z Kulmbachu oraz liczne zabytki złotnictwa. Dzieła te, jedne z najcenniejszych skarbów sztuki w Polsce, zostały następnie skatalogowane w publikacji Sichergestellte Kunstwerke in Generalgouvernement, wydanej we Wrocławiu w 1940 roku i przeznaczone do osobistej dyspozycji Hitlera. Nie wszystkie zostały po wojnie odnalezione.
Bazylika Mariacka poszukuje następujących strat wojennych:
Michael Lancz z Kitzingen, Ołtarz Nawrócenia św. Pawła, 1522.
Hans Süss von Kulmbach, Nawrócenie cesarzowej, 1514–1515.
Hans Süss von Kulmbach, Ścięcie św. Katarzyny, 1514–1515.
Noty katalogowe obrazów: