Romań­ski kościół para­fialny przy Ryn­ku mia­sta Kra­kowa został ufun­do­wany, jak zapi­sał Jan Dłu­gosz, przez bisku­pa kra­kow­skiego Iwo­na Odro­wąża w latach 1221–1222. W latach 1290–1300 wznie­siono, czę­ściowo na jego fun­da­men­tach, nowy kościół w sty­lu wcze­sno­go­tyc­kim, poświę­cony w 1320 roku.

Obec­ny kształt budow­li jest wyni­kiem kolej­nych prze­bu­dów. W latach oko­ło 1355–1365 wznie­siono wydłu­żone jed­no­prze­strzenne pre­zbi­te­rium z okna­mi wypeł­nio­nymi w latach ok. 1360–1400 wie­lo­barw­nymi witra­żami. U schył­ku wie­ku XIV powstał bazy­li­kowy kor­pus wzo­ro­wany na czę­ści zachod­niej kate­dry na Wawe­lu. Prze­kryty on został w latach 1395–97 skle­pie­niem krzy­­żo­wo-żebro­­wym przez mistrza Miko­łaja Werh­nera z Pra­gi. W latach 1435–1446 przy zewnętrz­nych murach naw bocz­nych dobu­do­wano kapli­ce. W tym też cza­sie pod­wyż­szona zosta­ła wie­ża pół­nocna, przy­sto­so­wana do peł­nie­nia funk­cji straż­nicy miej­skiej. W roku 1478 cie­śla Maciej Heringk nakrył wie­żę cha­rak­te­ry­stycz­nym wie­lo­bocz­nym heł­mem. Hełm ten ozdo­biony został zło­coną koro­ną maryj­ną w roku 1666.